Japońscy artyści działający w różnych dziedzinach sztuki współczesnej byli prezentowani w CSW niemal od samego początku jego istnienia - w 1988 r. w performansie podczas Międzynarodowego Seminarium Sztuki. Od lat 90. w programie CSW pojawiały się pokazy japońskich filmów eksperymentalnych (sławnych nowatorów w dziedzinie filmu i sztuki wideo), spektakle i koncerty muzyki japońskiej na stare i nowe instrumenty, miał miejsce festiwal nowej muzyki Japonii. Muzycy i performerzy japońscy byli obecni w różnych zbiorowych wystąpieniach. W 1994 dzięki I Międzynarodowym Spotkaniom Sztuki Akcji „Rozdroże” polscy widzowie mogli zapoznać się ze specyfiką japońskiego tańca butoh w wykonaniu największych jego mistrzów. Rok później przy okazji otwarcia wystawy Magdaleny Abakanowicz odbył się kolejny spektakl butoh. Japońscy tancerze wielokrotnie w kolejnych latach występowali i prowadzili w CSW warsztaty tańca butoh. Na przełomie 2019/2020 r. w ramach rezydencji CSW zaprezentowało anarchistyczne działania z ciałem i naturą japońskiego kolektywu hyslom. W kolekcji CSW znajdują się prace Kojiego Kamojiego, urodzonego w Tokio artysty od lat tworzącego w Polsce, obecnego w wielu naszych wystawach.

Osobne miejsce portal Mediateki poświęca sztandarowym wydarzeniom związanym z japońskimi twórcami – wystawie indywidualnej Yoko Ono z 1993 r., rewitalizacji XIX-wiecznej cysterny przez Tadashi Kawamatę oraz pierwszej w Polsce (i w tej części Europy) obszernej wystawie współczesnej sztuki Japonii pt. „Gendai” z 2000 r.